第一，屋顶种菜种植成本不菲。虽然屋顶菜园不占用耕地，一定程度上缓解了寻找耕地资源这一难题，但是在城市里运输土壤的高成本，却是屋顶农场主们始料不及的。

　　在没有特殊技术的情况下，屋顶菜园仍然主要采用土壤种植的方式。城市的土壤条件不比农村，因此通常自己在外面挖的土往往不适合种植，需要较多资金花费在运输土壤这一过程中。

　　在湖北武汉创办哈哈农场的樊伟曾向媒体反映，中国都市农业的发展比国外落后至少20年，在德国，出门开车一公里就可以买到种植所需的土壤。但在中国却要跨地区购买土壤。以一平方米菜园所需要的80公斤土壤计算，销售价约120元，运费成本也要120元。

　　此外，屋顶菜园并未被列入农业产业中，用水用电价格也十分高昂。方春富说：“我们现在用的水和电都是工业用水、工业用电，成本太高。农业用电每度电3毛到5毛，工业用电就是1块左右，农业用水只要几毛钱1吨，我们用水则要4块钱。”

　　第二，国内城市形态也影响了屋顶种菜的进行，并非所有的“屋顶”都能被充分利用起来。比如，小区楼顶几乎都是不开放的，使用权实际上属于顶楼人家，如果协商不好就会引起居民争议。而且在小区楼顶种菜，还可能存在着封闭性受干扰以及其他安全隐患。普通城市居民对这种种植方式知之不多。

　　第三，不科学的屋顶种菜给城市造成了二次污染。据了解，多数蔬菜有采摘季，摘完了土壤会裸露，一般屋顶没有“屏障”，风一吹就造成空气污染。种菜需肥料，有人用粪便当肥料，容易造成二次污染，违背了屋顶菜园环保的初衷。　郑宇飞