日本农协并不隶属日本政府的行政系统，其信用事业的职能不是帮助政府管理农村的金融和经济，而是广大农民在自愿的基础上组成的内部信用合作组织，帮助农民提供资金便利、办理存贷款等业务，日本农协的首要任务是提高农民主体的社会经济地位。
田杰 李佩哲 彭建仿
日本农协是根据日本《农业协同组合法》成立的农业协同组织，围绕“为农服务，提高农民生活水平和促进农村经济发展”的核心精神，开展广泛的业务和活动。日本农协的运营管理模式主要采取事业部的形式开展，组织下主要分为：指导事业、经济事业、信用事业、福利事业、共济保险事业五大事业部门，而信用事业部门承担的职能正是为其成员的生产、经营活动等提供借款、储蓄等综合性金融服务。在层级的管理安排上，日本农协采取的是按照全国-（都、道、府）-基层农业协同组合的三级层级划分，但是又区别于一般的政府行政管理体系的是日本农协这三个层级并不存在上下级的隶属关系，而是采取自下而上、层层入股的方式，在日本全国范围内建立起了庞大的农业、农民服务团体组织。
以贷款审查降低信贷风险
在贷款审查时，对于日常的贷款交易，信用事业部在根据系统内客户的现金流等进行偿还能力评价的同时，还会设定担保评价标准等严格的审查标准，进行信用判定，并提出相应的担保保证条件。对个别的重要案件或大宗交易，农协理事会将共同讨论决定并采取相对应的方针。此外，基层农协的信用部门还会与系统内的其他事业部进行协作，通过提升风险控制的专业程度来降低信贷的风险。以日本爱知县绿区农协为例，在关于房地产租赁设施建设资金的审查中，由拥有长年的信贷经验，并获得公认的绿区农协不动产部全权负责，以确保该事业部门能够作为独立部门进行审查而不受影响，而信用事业部门在其中主要起到监督和合规的作用。
第一时间遏制化解重大风险
在坏账的预防方面，对于一般的资金回收，还款的风险保障主要以抵押担保物为主，同时日本农协利用兼营信用事业以外业务的优势，原则上每周召开1次兼有房地产部门、共济部门、经济部门、管理部门等责任人员的ALM（生命周期管理）委员会，从多方面进行信息的交流沟通、监视讨论。同时，每月召开全体管理人员的ALM委员会，进行监视研究，力求第一时间发现本农协信用信贷的异常情况，遏制化解重大风险。例如，对于房地产相关的贷款项目，由于抵押的大部分都是土地区划农协事业的实施地区，因此土地转化资金较容易，通过与其他部门的合作协调，农协通过兼营房地产部门，直接进行土地买卖，拥有独立的处理手段，从而抑制不良债权的发生。
而另一方面，为了在出借交易中维持和提高资产的健全性，日本农协的内部信用合作部门还会严格进行资产的自我审查，根据资产自我鉴定的结果，信用部门会将必要的一定数额资金作为坏账准备金计入，并定期公开和接受审计监督，使资产及财务的健全化力所能及。此外，农协对农户的经营销售所得及分红利润收入也有一定的资金存入要求，通过增强社员成员使用农协事业服务的黏性，大大减小风险。
明确贷款流程
流程方面一般由社员农户向基层农协信用事业部门提出申请，递交材料，然后由基层农协汇总后逐级汇报，最终由农林中央金库审查通过后授信发放贷款，资金经由信农联再流入到基层农协，此外，农林中央金库也可根据相关规定直接对信农联和基层农协提供融资支持。
优化贷款担保政策
一般情况下的社员成员贷款基本上无需提供保证、担保，但对于一些周期长，额度大的贷款申请，例如大型农业生产机具、住房贷款等则需要一定的保证金，担保等附带条件。日本政府会依据农协贷款的不同用途给予利息补贴和担保费补贴，为了减轻农民的贷款负担，贷款的农民可获得每年最多3%的利息补贴（国家补贴1%，县农协补贴2%），以爱知县的农业现代化资金贷款为例，超过100万日元的贷款可获得最长期限为5年的利息补贴。同样，对于符合条件的担保费减免的贷款项目，也可获得农林中央金库和县农协的共同全额资助，例如农户购买农业机械贷款融资1000万日元，借款期为3年，基准借款利率为2%，农户不仅能够获得爱知县农业信贷基金协会的担保，且最终农户的贷款利率将由爱知县信连和农林中央金库各承担1%，从而实现了无息贷款。具体贷款项目不同，补贴政策也会有所不同，但总体而言，日本农协的贷款利息和担保费补贴政策使得农户融资贷款不再将支付担保费和利息视为沉重的负担，提高了农民的贷款和还款的积极性。
建立金融安全网
日本农协为开展信用合作建立了完备的风险防范制度，主要包括“预防破产系统”和作为公共制度的“储蓄保险制度（农林水产业协同组合储蓄保险制度）”的双重安全网保护。
存款保险制度是由日本政府、中央银行、农林中央金库和信农联各按25%的比例出资组建“农林水产业协同组合储金保险公司”，注册资本3亿日元，凡到农协存款的储户自动入保，在农林水产业协同组合无法退还存款等情况下，保险机构负责向存款者赔偿，保护储蓄者，维持信用秩序，最高赔偿额为1000万日元。部分基层农协还会根据自身的发展情况和特点，基于基准的指标要求之上，编订适用于自身的风险防范指标。
预防破产制度，是日本农协事先设定财务指标基准和业务事业经营情况标准，划分为三个级别，当发生该设定的破产危险情况时，按照情况对应的级别采取相应的措施补救，同时对其资金的使用，按照其对应的级别加以限制。
同时，日本农协还配套建立有相互援助制度，对可能发生破产危险的农业协同组合提供资金、担保、降息等方面的援助，按照不同级别加以区分援助。根据日本农协体系相互援助制度的要求，每年基层农协会将自身10%的存款存入农林中央金库作为专项风险准备金。此外，日本作为一个多自然灾害发生的国家，对于类似于发生“日本东京大地震”此类特别严重的不可抗力事件，日本农协还提出了特别支援制度，用于紧急支援。
做好基层农协的内外部监管
内部监管方面，按监管来源主要分为两个方面：一方面是来自监事会的监督和监察，包括对总会提交的计划、文件的合规性进行调查；对事业年度的损益结算书、年度事业报告等结算文件进行监察；以及对日常理事会的决议和行为进行监督检查。
另一方面是来自于由内部监察员组成的内部监察室的监督，日本农协采取内部牵制发挥作用的体制，职员的半数以上拥有内部监察士的资格，配合内部监察室每季度会进行定期监察以及无通告监察。农协的内部监察以总店、分行的所有部门为对象，根据年度的内部监查计划定期或不定期实施。审计结果向代表理事工会长以及监事报告后，会进一步通知到审计部门，定期地追踪被审计部门的工作改善状况。审计部门一般定期向理事会报告审计结果概要，但对于特别重要的事项，将立即向理事会、代表理事工会长、监事进行报告，迅速采取适当的措施。内部监察室还兼任法规遵守管理部门，以完善修订相关法令等各基础规章，在谋求本农协业务手册完善的同时，努力确保业务的运行正常有序。
外部监管方面，日本农协系统开展的内部信用合作事业主要受到日本政府金融监管厅、农林水产部金融科以及各级政府下设的农政局的监督管理。例如基层农业协同组合在发起成立时需接受政府相关部门的合规检查，依据农协法的规定，创立总会召开后，发起人应向行政局申请许可（该组合是都道府县级以下时，向该都道府县级政府的知事申请许可；若超过该级别时向农林水产大臣及内阁总理大臣申请许可）。行政局接受该组合发起人的申请后，除非该农业协同组合的章程以及业务计划等内容有违背相关法律规定的情形外，否则都应当批准通过。一般从发起申请之日起的两个月内，行政局需要办理完成相关的手续，最终作出通过或者不通过的决定，并通知申请人，若两个月后行政局未做出表态则视为默认通过。
而在涉及日本农协信用合作事业的相关事务时，主要是由政府金融监管厅进行负责处理，对此职责的分工在日本农协法中都有具体明确的规定，从而使得日本农协系统的外部监管机构能够各司其职，一方面能够尽量避免监管重叠和监管真空现象的发生，另一方面能够使得“专业的事让专业的人管”，提升管理水平的专业化程度，有效防控农协信用合作的风险。