在登记环节，目前一些地方印制的纸质版《纳税人首次办税补充信息表》中无农民专业合作社财务会计制度，但在国家统一的电子版税收征管系统中相应栏次已经涵盖了各类财务会计制度（准则），包括《农民专业合作社财务会计制度（试行）》。农民合作社首次办理涉税事宜时，应当主动向税务工作人员提出申请使用合作社财务会计制度。

　　在申报环节，现行机制是纳税人根据适用的财务会计制度填写纳税申报表，而不是按照纳税申报表要求决定选用何种财务会计制度。如增值税，农民合作社根据其类别（一般纳税人或者小规模纳税人）填报对应申报表，填报方法不受其适用的财务会计制度影响。企业所得税要求纳税人填报其采用的财务会计制度，企业所得税《基础信息表（A0000）》中专门列举了“农民专业合作社财务会计制度（试行）”供纳税人选择。