技术支撑制约　一是生态农业技术研发不够。广大农村缺乏农业污染防治、病虫害防治等先进适用技术。二是生态农业技术推广不够。目前，我国登记使用的农药有600多种，列入国家药典的兽药有1500多种，每种都有严格的使用技术规范。有关调查显示，近50%的农民在使用农药和兽药时，得不到有效的技术指导，对绿色食品、有机食品的生产技术掌握程度更为有限。三是严重缺乏自主创新的检验检测设备。当前，我国农产品检验检测设备主要依靠国外进口。

　　管理保障制约　农业生态环境工作基础薄弱，行政监管力量、执法力量严重不足，普遍存在缺人员、缺手段、缺经费等问题。生态农业标准体系不健全。农产品质量安全检验检测体系基础差，工作水平低，尤其是基层检测机构表现更为突出，常常出现“检不了、检不出、检不准”等问题。农产品优质不优价的情况屡见不鲜，缺乏市场动力机制。生态农业建设初期，普遍缺乏资金投入。

　　潜在风险制约　在新形势下建设现代农业，必须面对工业化对生态环境造成的破坏和传统农业生产方式所带来的问题，我国生态农业发展面临多种污染物的危害，有的源于农业生态环境的恶化，有的源于农业投入品使用不规范，有的人为非法添加，消除风险隐患是一个复杂的系统工程。