1996年起，市农科院作物所与文山农科院、丘北华能专业合作社开始合作，开展优质鲜食糯玉米引种示范推广工作。2000年12月，在上海、文山两地政府的支持下，文山州农科院与上海市农科院签订了《沪滇合作共同进行农作物新品种改良及新技术研究协议》。根据协议，双方在玉米新品种育种攻关等方面进行了深化合作，以研发特色糯玉米为科技合作切入点，以发展紫黑糯玉米产业为预期目标，加速引进上海农科院成果和资源，帮助云南文山地区农民提高收入，促进玉米生产升级换代。

　　●三七连作障碍的防治

　　自2001年起，市农科院生态所与文山苗乡三七实业有限公司便开始开展三七连作障碍的防治工作。作为积极参与“沪滇合作”的单位之一，市农科院多次参加上海市科委组织的“沪-滇科技成果对接交流会”，2013年，市农科院与云南文山州苗乡三七实业有限公司签署战略合作协议，开展三七连作障碍的土传病害消除研究防治工作。

　　●姬松茸中重金属镉污染控制技术及低富集菌种选育的研究

　　2010年，农业部开展食用菌质量安全普查，发现文山姬松茸存在重金属镉超标问题，基于这一情况，市农科院质标所与丘北县农环站、丘北县金茸食用菌产销专业合作社开展合作研究。项目研究基本摸清了丘北县姬松茸栽培过程中镉的主要污染来源，通过调整培养料组分比例和替换低镉含量物质优化了培养料配方。在调研姬松茸主产地区福建和云南的基础上，挑选了4个菌种，获得了其中富集镉较低的菌种。目前，姬松茸子实体中镉含量下降50%以上。

　　●大叶茶园立体种养模式研究

　　市农科院生态所与普洱茶树良种场合作，建立复合立体种养模式的生态茶园1500亩，并制定了复合立体生态茶园技术规程。每亩平均增收8000多元、培训基层科技人员112名、培训茶企职工和茶农3060人次。形成了林—茶—绿肥、林—茶—食用菌、林—茶—绿肥—家禽等生产模式。

　　●思茅松高产脂无性系选育、快繁等关键技术研究

　　2010年，市农科院林果所开始与普洱市林业科学研究所对接，开展思茅松高产脂无性系选育、快繁等关键技术研究。实地考察造林地和苗圃，在利用航天辐射诱变育种的基础上，增加60Co和电子加速器等辐照手段处理思茅松种子，目前，已通过反复试验，掌握了思茅松种子辐照的半致死剂量，并对17个品种的思茅松种子进行了辐照处理，正在当地对诱变个体进行观测、评价。

　　●高山花卉资源调查与驯化工作

　　2014年市农科院林果所与香格里拉高山植物园、昆明农产品国际交易拍卖中心签订合作协议，开展高山花卉资源调查与驯化工作。调查收集滇牡丹原生群落资源，采集种子8500粒；调查、收集龙胆属资源，目前已鉴定了香格里拉龙胆、龙胆、蓝玉簪龙胆；调查收集报春花科资源，已鉴定了苣叶脆蒴报春、雪山报春。收集材料120份。

　　●“申香16号”示范种植

　　2012年，市农科院食用菌所与云南保山富群农业科技有限公司成功开展了香菇“申香16号”的示范种植，示范面积达1000亩。试种成功后迅速进行了示范推广，目前该公司年种植1500-2000万棒，日产香菇45吨。该公司是目前市农科院最大的香菇生产商、供应商，香菇产品远销国外。