(一)理论基础上不完备。生态农业是一种复杂的系统工程，需要多种学科专家的共同参与，需要建立生态农业自身的理论体系。

　　(二)技术体系不够完善。在一个生态农业系统中，往往包含了多种组成成分，这些成分之间具有非常复杂的关系。目前在生态农业实践中，还缺乏技术措施的深入研究，既包括传统技术如何发展，也包括高新技术如何引进等问题。

　　(三)政策方面存在着需要完善的地方。如果没有政府的支持，就不可能使生态农业得到真正的普及和发展。而政府的支持，最重要的就是建立有效的政策激励机制与保障体系。虽然目前中国农村经济改革是非常成功的，但是对于生态农业的贯彻，还有许多值得完善的地方。

　　(四)服务水平和能力建设不能适应要求。对于生态农业的发展，服务与技术是同等重要的。但目前尚未建立有效的服务体系，在一些地方，还无法向农民们提供优质品种、幼苗、肥料、技术支撑、信贷与信息服务。

　　(五)农业的产业化水平不高。发展生态农业的根本目的是实现生态效益、经济效益和社会效益的统一，但在中国的许多农村地区，促进经济的发展、提高人民的生活水平，仍然是一项紧迫的任务。

　　(六)组织建设存在着不足。在生态农业的发展过程中，组织建设是一个重要方面。正如世界环境与发展委员会在其报告《我们共同的未来》中所指出的那样，新的挑战和问题的综合与相互依赖的特征，与当前的组织机构的特征形成了鲜明的对比。因为这些机构往往是独立而片面的，与某些狭隘决策过程密切相关。中国当前的生态农业，也同样存在这种组织建设的不足。

　　(七)推广力度不够。虽然生态农业有着悠久的历史，政府也较为重视，但仍然没有在全国范围内得到推广。101个国家级生态农业县与全国相比是一个非常小的数字。因为从总体而言，沉重的人口压力，对自然资源的不合理利用，生态环境整体恶化的趋势没有得到根本的改善，农业的面源污染在许多地方还十分严重。水土流失、土地退化、荒漠化、水体和大气污染、森林和草地生态功能退化等，已经成为制约农村地区可持续发展的主要障碍。从某种程度上说，目前的生态农业试点，还只不过是“星星之火”，还没有形成“燎原”之势。