生态农业系统作为一种高效的人工生态系统，不仅有生物(动物、植物、微生物)组成和环境条件(光、热、水、气、土等)组成，还包括人类生产活动和社会经济条件，是这些复杂因素组成的统一体。也就是说，生态农业系统不仅将一个区域(这个区域大可至一个国家，小可至一个乡或自然村内的全部农业、林业、畜牧业、渔业，工副业等都包括进去)，而且还和社会经济系统密切结合起来，是一个综合性的生态系统。

　　主要表现

　　l.在群落结构上，自然生态系统中，初级生产者一般总是由多种绿色植物所构成，空间层次结构明显，而消费者的营养层次也较多，种类丰富，从而形成多条食物链，构成的食物网也十分复杂；在生态农业系统中，生产者层次不多，大多由一种或几种农林作物构成，群落结构较自然生态系统单纯得多。

　　2.在生态系统的时间和空间存在形式上，自然生态系统通常是连续的；而生态农业系统则是以特定作物的生产为目的，其发展方向是要生产人类所需要的农、林、牧、副、渔产品，因此就必须人为地阻止自然变迁、演变的发生。

　　3.在生态系统的物质循环方面，虽然自然生态系统也不是完全封闭的，但在生产者、消费者、分解者提供各营养层间有一定的平衡，物质循环多少是自我完结的，也就是所谓自我施肥系统。与此相反，生态农业系统随着农畜产品的出售，一部分营养物质流出系统之外，损失的部分必须人为地加以补充，以此维持生态平衡。

　　4.农业是人类社会的一种生产活动，不仅受到自然生态规律的支配，也必然受到社会经济规律的支配。因此，和自然生态系统不一样，生态农业系统决不能与经济相割裂，经济因素成为整个生态农业系统中不可少的，并且是十分重要的环节。因此，有些学者认为，生态农业系统更确切的概念应该是“农业生态经济系统”。

　　总体结构

　　l.生态农业系统的总体结构中，最重要的组成部分共有五项:农业环境；农业生物；农业技术；农业输入；农业输出。

　　2.农业环境与农业生物是生态农业系统中的两个基本方面。而且这两者之间的关系十分密切，生态环境及结构与功能的好坏，直接制约着农业生态水平的高低和能否健康地发展。而农业技术则是调节这两者之间矛盾的手段。

　　3.为了实施农业技术，必须有一定的劳动与资本的输入，工业的支援，农业科学知识和教育的普及，农业的经营管理等等，而这一切又受到农业政策深刻的影响。农业输入体现了人的能动作用，是生态农业系统中最积极的因素。

　　4.在农业输入与输出的关系上，要求有较高的经济效果，既要考虑到农业的劳动生产率、投资利润率、商品生产率、农业生产者的经济收入以及国家从农业取得的直接与间接的财政收入等等。经济效果在生态农业系统中起着重要的支配作用，只有系统的经济效果不断提高，才能保证集体与个人收入的提高，并使国家经济收入增加较快，才能使农业生产得到更快的发展。

　　因此，要在农业生产获得成功，保证农业生产的持续、稳定的发展，就必须对生态农业系统有一个全面深刻的理解，熟悉其总体结构，掌握其客观规律，分析其内外矛盾，从而选择最佳的系统设计(最佳的生产结构、产品布局、农业技术等)以取得最好的农业生产效果与经济效果，使农业生产获得稳定的发展。为此，又必须对生态农业系统的基本特点有所了解，才能达到最佳系统设计之目的。